沼气的处理一般应包括沼气的脱水、脱硫及脱二氧化碳。沼气中的水分与硫化氢共同作用， 能加速管道及阀门、流量计的腐蚀，硫化氢还对大气造成污染，所以要脱除。
沼气如何进行脱水：从发酵装置出来的沼气含有饱和水蒸气，可用3种方法将其去除
(1) 冷分离法。是利用压力能变化引起温度变化，使水蒸气从气相中冷凝下来的方法。常用的有两种流程：A．节流膨胀冷脱水法。一般用于高压燃气，经过节流膨胀或低温分离，使部分水冷凝下来。B．加压后冷却法。如净化气在0.8MPa压力下的冷却脱水。
(2) 溶剂吸收法。属于这类脱水溶剂的有氯化钙、氯化锂及甘醇类。
(3) 固体物理吸水法。吸附是在固体表面力作用下产生的，根据表面力的性质分为化学吸附( 脱水后不能再生)和物理吸附(脱水后可再生)。

干法脱硫：沼气中的有害物质主要是硫化氢，它危害人体健康，对管道阀门及应用设备有较强的腐蚀作用。目前，国内大部分用户均未安装脱硫器，已造成严重后果。为减轻硫化氢对灶具及配套 用具的腐蚀损害，延长设备使用寿命，保证人身健康，必须安装脱硫器。脱硫原理：在常温下含有H2S的沼气通过脱硫剂床层，沼气中H2S与活性物质(如氧化铁)接触，生成 硫化铁和亚硫化铁，然后含有硫化物的脱硫剂与空气中的氧接触，当有水存在时，铁的硫化 物又转化为氧化铁和单体硫。这种脱硫和再生过程可循环进行多次，直至氧化铁脱硫剂表面 大部分被硫或其他杂质覆盖而失去活性为止。脱硫方法：脱硫的方法有湿法脱硫和干法脱硫两种。干法脱硫具有工艺简单，成熟可靠、造价低等优点 ，并能达到较好的交货程度。目前家用沼气脱硫基本上采用这种方法。干法脱硫剂有活性炭、氧化锌、氧化锰及氧化铁等，从运转时间、使用温度、公害、价格等 综合考虑，目前采用最多的脱硫剂是氧化铁。

湿法脱硫：湿法脱硫技能是使气体中的硫化氢在富含催化剂的液相中氧化成单质硫的一种脱硫技能。该技能的流程比照简略，能够直接得到元素硫。